Vesnice leží na Lišovském prahu, 600 m západně od jejího středu se zvedá kopec (570,5 m n. m.), který byl v minulosti nazýván Pfaffenberg (Kněžský vrch), na současných mapách je uváděn pod jménem Na novinách, bývá však nazýván též Hlincová hora. Nedaleko vrcholu stojí vysílač, v současné době probíhá ve vrcholové oblasti kopce výstavba rodinných domů v rámci lokality Kodetka. Katastrální území Hlincová Hora má rozlohu 3,36 km², rozprostírá se mezi potokem Čertík na severu a Vráteckým potokem na jihu a sousedí s katastrálními územími: na severu Jivno, na západě Rudolfov, na jihu Dubičné a Kaliště u Českých Budějovic a na východě Zvíkov u Lišova. Více než třetinu území obce (124 ha) zabírají lesy, které jsou rozděleny do dvou rozsáhlejších komplexů: Kostelní, svažující se k Vráteckému potoku a Děkan, který porůstá svahy nad Čertíkem.
Východně od Č. Budějovic v sousedství starého města Rudolfova leží přímo pod hřebenem Kněžského vrchu (Pfaffenbergu) stará ves, dnešní Hlincová Hora. V nejstarších dokladech nazývá se česky „Nícovou horou“ , německy Pfaffendorf. Už k roku 1398 je v Liber losungarum města Budějovic Českých na fol. 72 veden jako zdaněný občan budějovský jakýsi Paulus z Nyczowyhory. Byl zdaněn na 1/2 kopy a je pak veden v knize až do let 1401-1407, v jejichž období se ztrácí (byl škrtnut ze seznamu). Název vsi by ukazoval, že ves byla založena nějakým Nícem. Pro XIII. Století je jméno Níc a Nicek doloženo. Od něho má jméno např. osada Nícov. V roce 1399 se usadil v Rožnově nějaký Nycz Neustifter. Jméno toto je odvozeno od německého Nikolaus. Jako přetvořují Němci Konrád v Kunz, Heinrich v Heinz, Friedrich ve Fritz, podobně činí i s jménem Nikolaus, jež zkracují v Nietz. Má tedy osada „Nietzova hora“ původ svého starého jména v něm. Nietz, utvořeném z Nikolas nebo z Niklas. Tento Mikuláš však není živý zakladatel, nýbrž jde o kostel sv. Mikuláše v Budějovicích Českých a o patrona tohoto chrámu, papeže Mikuláše, jenž měl jaksi protektorát nad jeho stavbou. (Papež Mikuláš papežoval v letech 1277-1281, chrám budějovský se stavěl do r. 1297)
Pro faru a chrám budějovský byly určeny dvě vesnice poddanské, které patřily městu: byly to Kněžské Dvory (Pfaffenhöfen) a Pfaffendorf, česky jmenovaná „Niezowa hora“, čili „ Mikulášova hora“, jak se však nikdy nejmenovala.
Samo jméno „ hora“ neznačí ve skutečnosti horu či vrch. V minulých dobách se horou jmenoval les nebo zalesněný komplex. Tak ves Třebotovice ještě po třicetileté vojně se zve „Třebotova hora“, a městské lesy písecké se jmenují ještě v 19. století „Píseckými horami“. (Srov. Sedláček: Snůška starých jmen, str. 12)
Tento les leží dodnes na horské přepážce mezi kotlinou budějovskou a třeboňskou při pohledu na východ z města Českých Budějovic. Od pradávna slul vrch, jejž tento les zdobí, „ Pfaffenberg“, jinak se nazýval les „Děkanským“, lid jej zkrátka nazývá „Děkanem“. To proto, že les i vesnice v něm založená patří budějovskému faráři, od r. 1601 děkanovi.
Jméno vsi, jejíž založení spadá asi k roku 1350, neboť tehdy byla založena i ves Kněžské Dvory a obě vesnice současně se dostaly ad usum et fructum budějovské faře a kostelu sv. Mikuláše (založení Kněžských Dvorů je bezpečně vročeno), prožilo zajímavý vývoj.
Vývoj ten můžeme stopovati v dokladech, jichž je dosti. Jméno „Nieczova hora“ je znovu doloženo koncem XV. Století v listině z roku 1479. je to listina škod, jež způsobil v budějovském kraji bouřlivák pan Racek z Kocova“ jejich soupis pro krále Vladislava měl sloužit k půhonu a k náhradě. Listina byla otištěna v Archivu českém IV., str. 96., jenže chybně: místo „Niezowa hora“ je tam „Mečova hora“! (Zjistil jsem spoluprací pana dra. Charváta, archiváře v Archivu Národního musea v Praze, že jde o zcela evidentní omyl a že v listině je „Niezowy hory“.)
Jméno Nietzova hora objevuje se v listinách ze XVI. století: tak v zápise o povinnostech sedláků z Niecovy hory z r. 1552 (v buděj.archivu), nebo z r. 1530 o sporu mezi příslušníkem farní obce Niezowy hory a poddanými sousedícího vstužského panství (v třeb.archivu) aj.
V XVII. Století dochází k zajímavé přeměně názvu. V sirotčí knize z r. 1688 (v buděj.archivu) tedy koncem století, objevuje se název „Hnizovihora“. Ale současně už v listině z r. 1682 (o půjčce občana naší vsi Jiřího Dvořáka buděj.měšťanu Ondř.Kotěrovskému, v buděj.archivu) a pak v sirotčích knihách z let 1693, 1695 až 1699 píše „Hlintzová hora“.
Tato přeměna má možný tento výklad : Ves byla založena na Pfaffenbergu, tj. na návrší k Budějovicům sbíhá ve dvou svazích. Z nich severní směřuje k obci Vrátu a jižní k Hlinsku. V knize M.W. Klaudyho o hornickém podnikání na Rudolfově (kniha je v originálu na rudolfovské radnici, v opisu v Národním museu v Praze) se mluví při určení nově otevřených dolů v XVI. a XVII. Století buď o dolech na „ Broder Gebürg“ nebo „Hlintzer Gebürg!. Naše ves ležela vlastně na „Hlintzer Gebürg“, cesta k ní na Pfaffenberg stoupala aspoň po hlineckém svahu, po němž dospívala k Děkanskému lesu a za ním do Nietzowy hory.
Tak došlo k tomu, že lidem koncem XVII. Stol. Už se stal název vsi „Nietzowa hora“ nejasným“ ale nově vznikající „Hlincová hora“, podle „ Hlintzer Gebürg“ se ještě neujal všeobecně. Odtud přechodní název: „ Hniztova hora“, po němž se konečně zjevuje definitivní český název „ Hlincová Hora“.
V století XVII. se nejčastěji užívá něm. Názvu Pfaffendorf a na český se zapomíná. V sirotčích knihách aspoň ani jedenkráte se český název neobjevuje.
Začátkem XIX. století se v listině z 22.dubna 1819 o popisu hranic třeboňského panství (v třeb.archivu) píše najednou: „Lincová hora“. Jméno to, vzniklé nepochopením pravého českého názvu, se pak objevuje v Sommrově D. Kön. Böhmen z roku 1841 aj. dokonce se stává úředním názvem vsi, jenž platil v letech 1854 až 1923.
Dnes se užívá správného úředního názvu „Hlincová Hora“, který pochází už z konce XVII. stol. a nahradil starý český název vsi „ Nietzowa hora“.
V rudolfovské matrice od jejího založení a od přejetí farní agendy nad Hlincovou Horou (od r. 1791) se užívá s počátku jen německého názvu „Pfaffendorf“. Teprve roku 1868 e objevuje prvně český název „ Hlincova Hora“. V knize kopulací je první český název vsi až roku 1877 (zápis P.Zemana potestate delegata o svatbě hlincohorského občana Vojtěcha Zemana s Marií Zmeškalovou. Z uvedeného je vidno, že tato ves je jednou z nejstarších na Budějovsku a že sám vývoj jejího jména dává badateli dvojí problém: totiž rozřešiti nejen původ starého jména, ale najíti i podklad k proměně jména toho na nynější název.
- Vojtěch Krž (1861-1924), místní rodák, politik, zakladatel české školy v Rudolfově, zasloužil se o elektrifikaci kraje
- Bedřich Böhnel, spisovatel, který zde pobýval
- Návesní kaple sv. Jana Nepomuckého
- Pomník sovětského vojáka
- Na území obce leží zámeček Lustenek.
