Název obce vznikl z osobního jména Buda – Budova ves. Zemědělství živilo od středověku zdejší obyvatele, v této tradici je pokračováno dodnes. V současné době v moderních podmínkách a ve větším rozsahu. Pastviny kolem vsi dnes slouží k chovu skotu a ovcí, v soukromé oboře se pasou stáda daňků a muflonů.
První písemná zmínka je z r. 1334, kdy Jan Lucemburský daroval Petru z Rožmberka panství bavorovské, které zahrnovalo i ves Budyni. V r. 1382 došlo v Bavorově k setkání Petra a Jana z Rožmberka s farářem Václavem, při kterém sjednotili všechna písemná nadání a stanovili regule povinností pro následující duchovní. Zmíněna je i Budyně, která se podílela na platech z pozemků pro církev. Roku 1593 Petr Vok, poslední Rožmberk, prodal zchátralý hrad Helfenburk, Bavorov a okolní vesnice městu Prachatice. Po Bílé hoře se majiteli tohoto regionu stávají Eggenberkové (1628) a po jejich vymření majetek dědí Schwarzenberkové (1710). Až do reorganizace správy země v r. 1850, kdy Budyně připadla k okresu Vodňany, byla vesnice součástí netolického panství a budyňští sedláci vykonávali robotu na panském dvoře ve Sviněticích.
- František J. Vlček - spisovatel
- Kaple na návsi - zasvěcena českému patronu sv. Václavovi a pochází z roku 1885