Bavoryně patří svým osídlením k nejstarším obcím na Berounsku. Vždyť první písemná zpráva o obci je již z konce 11. století a v kontextu dějin Podbrdska se odráží i historický vývoj a život obyvatel Bavoryně v dalších staletích. Území dnešní Bavoryně spadá z geologického hlediska do oblasti Barrandienu. Tato oblast mezi Prahou a Plzní vznikla již během starohor při silné vulkanické činnosti.
Následně v prvohorách došlo vícekrát k zaplavení Barrandienu mořem a během ordoviku a siluru zde bylo moře, které pokrývalo většinu Českého masivu v době před 495 – 417 miliony let. Na dně tohoto moře docházelo k usazování různých druhů hornin, především jílovité břidlice. Následně, díky oteplení klimatu, vznikaly mohutné vrstvy vápence, které charakterizují Berounsko. Na konci devonu moře z této oblasti ustoupilo a začal významný horotvorný proces, který určoval tuto krajinu. Teprve koncem třetihor však vznikají hluboká údolí i s koryty řek a skutečná podoba se dotvořila až ve čtvrtohorách před 1,8 milionu let. Po skončení poslední doby ledové postupně pokryl českou kotlinu prales, který se v meziledových dobách rozšiřoval. Jeho postupné mýcení bylo začátkem osídlení tohoto území.
Osídlení Bavoryně se dá dle archeologických nálezů datovat až do mladší doby kamenné. Na soutoku Litavky a Červeného potoka ve Zdicích byly nalezeny tři osady. Již před pěti tisíci lety byla tato oblast osídlena. Asi v 5. století našeho letopočtu se zde usazují první Slované. Jejich hlavní obživou bylo zemědělství. V době prvního historicky doloženého knížete Bořivoje, který je zmiňován v roce 872 již pravděpodobně na místě dnešní Bavoryně stála slovanská osada, jejíž obyvatelé se věnovali především zemědělství a chovu dobytka. Tato osada později zřejmě zanikla a nová zde vznikla pravděpodobně v druhé polovině 11. století. Dokládá to první písemná zpráva o této osadě, i když až z konce tohoto století, kde je zaznamenáno původní jméno obce. Jak vyplývá z historických pramenů, původní jméno obce bylo zřejmě Obryně (období kolem roku 1088), jméno Bavoryně je doloženo od konce 13. století. Bavoryně je jedinou obcí tohoto jména v našem státě. Jménu Bavoryně naši předkové rozuměli Bavorova ves a jméno vzniklo z osobního jména Bavor příponou -yně. Mohlo tedy eventuálně vzniknout po majiteli vsi jménem Bavor, nebo také po někom, kdo se zde usadil a byl německé národnosti – tedy Bavor. Kolem roku 1300 patří Bavoryně k Berounu, kolem roku 1320 se stala majetkem Zbyňka Zajíce ze Žebráku. K další výměně Bavoryně došlo v roce 1336, kdy se stala majetkem krále Jana Lucemburského a byla opět dána pod pravomoc a v majetek královského města Berouna. Z doby Václava IV. je berní rejstřík vesnic příslušných k Berounu z roku 1414 a dochovala se i jména osadníků vsi Bavoryně – Pešek Hlásaný, Blahotův syn, Velek, Jaroslav Svach, Mařík z Tomani, Otroček, Jan Hlíza a Beneda. Od roku 1437 patří Bavoryně pod novou vrchnost a provází ji obdobné dějiny, jako blízký Žebrák. Ze 16. století nás zaujme svým jménem i Beneš Bavoryňský z Bavoryně, stavu rytířského a také biskup Jednoty Bratrské.
V průběhu následujících časů měla Bavoryně další majitele, mezi které patřil Štěpán Vamberský z Rohatce, Petr Vamberský, Karel ze Svárova, Mikuláš z Říčan, Václav z Říčan, Jan Litvin z Říčan a další…. V letech 1594 – 1849 byla Bavoryně pod správou císařského panství. Byla to malá ves, pás usedlostí a několik chaloupek.
Lze soudit, že většina obyvatel Bavoryně byla v té době protestantského vyznání. V období třicetileté války, v roce 1640, byla Bavoryně vypálena. Přes všechny obtíže si však tehdejší osadníci vystavěli nová obydlí a vesnici obnovili. Dle urbáře panství točnického z roku 1670 byli v Bavoryni tito držitelé selských usedlostí: Matěj Maušl, Vaňákovic sirotci, Václav Crk, Václav Sklenář, Jan Holman (Vrba) a Jan Merhaut. V Bavoryni byla také jedna krčma.
Zavedením číslování pozemků, stavebních parcel a od roku 1770 i číslování domů, se udělal značný pokrok v historickém pohledu na rozsah obce i o obyvatelích zde žijících. Stanovení a zakreslení katastru obce dalo podklady o majetkových poměrech do dnešních dnů. Tento tzv. Josefský katastr z r. 1787 nám udává pomístné, neboli katastrální názvy v Bavoryni – Na Přesevši, Na Hájích, Na Lužině, Na Hostomce, Pod Hostomkou, Na Lhotkách, Ma Líšině, Na Stráni, Na Podůbčím, Pod Rájem. Katastr zaznamenává v té době 19 čísel popisných v Bavoryni a dle toho lze sestavit i seznam majitelů dle čísel popisných: 1 – Jan Preisler, 2 - Václav Preisler, 3 – Matěj Preisler, 4 – Matěj Preisler, 5 – Jiří Pánek, 6 – Matěj Hříbal, 7 – vdova Černá, 8 – Václav Haupupek, 9 – Martin Preisler, 10 – Josef Zíma, 11 – Josef Zíma, 12 – Matěj Merhaut, 13 – Matěj Ciprián (rychtář), 14 – Václav Preisler, 15 – Jan Draxl, 16 – Matěj Plánek, 17 – Josef Vykysalý, 18 – Šimon Merhaut, 19 – Josef Kozler. Na počátku 19. století se v Bavoryni usazují nové rody, a to do čp. 4 Marešové ze Zdic (původně ale z Levína), do čp. 11 Hříbalové z Chlustiny, do čp. 25 František Chott z Praskoles (statek má ale později syn z prvního manželství Anny Chotové Václav Vrba). Později přichází do čp. 2 rod Mužíků z Otmíč.
Rok 1850 znamená v historii Bavoryně další významný předěl. K úplnému osamostatnění obce však zatím nedošlo. Obec Bavoryně byla přičleněna k sousedním Zdicím. Vzhled Bavoryně ve druhé polovině 19. století byl asi stejný jako v okolních obcích. Dle pozdějších záznamů v kronice vyhořela v roce 1882 část obce a všechny budovy, některé ještě i dřevěné, byly kryty jen došky a šindelem. Požár zničil usedlosti čp. 1, 2, 3, 4. Ještě ve dvacátých letech 20. století je několik domků v Bavoryni kryto došky. V roce 1856 měla Bavoryně 32 čísel popisných a 236 obyvatel. Byly zde dvě kovárny, a to v čp. 6 a 15. Dále zde byl Holečkův obchod v čp. 28, později hostinec Merhautův, který je dodnes, ale již zavřený. Zaznamenáni jsou i tři ševci a dva krejčí. Převážná většina obyvatel se živila zemědělstvím, ale je zaznamenán i jeden horník, hřebíkář a košinář. Vzrůst obce je nepatrný, od roku 1828, kdy je evidováno 28 čísel popisných, byly do roku 1856 postaveny jen 4 domky. Obcí nevedla silnice, vedla zde jen vozová cesta od čp. 7 ke Stašovu. Při velké povodni v roce 1872 byly pobořeny v Bavoryni 3 domky a 1 muž se utopil.
Spojení tří obcí v jeden celek bylo snad pro malou Bavoryni v něčem určitě výhodou. Ale bavorynští se s tímto stavem od začátku 80. let 19. století nespokojují a touží po tom, aby byli samostatnou obcí s vlastním starostou a obecním zastupitelstvem. Dle zachovaných písemností se tak stalo v roce 1883, ale další úřední jednání se vlekla a k oficiálnímu vyhlášení pražským místodržitelstvím o úplném osamostatnění obce došlo až v roce 1889. Dle zachovaných písemností byl prvním starostou v Bavoryni Jan Hříbal, rolník z čp. 11. Dále byl starostou Václav Mužík z čp. 2, po něm zase na několik volebních období František Holeček z čp. 27. Dále František Hříbal, syn prvního starosty Hříbala. První světová válka dolehla značně na obyvatele Bavoryně. Dělnictvo bylo zbaveno práce a mnoho mužů bylo povoláno na frontu. Do některých rodin se vetřela bída. Do československých legií vstoupili během 1. světové války 3 občané z Bavoryně – František Elgr, Josef Preisler, Josef Vrba. Dne 16. 9. 1923 se konala volba do obecního zastupitelstva Bavoryně. Za stranu dělníků a domkářů a molorolníků jsou v zastupitelstvu Josef Hůrka – čp. 17, Jan Skalka – čp. 55, Jaroslav Sklenář – čp. 50, Václav Smrž – čp. 18, Václav Strach – čp. 16, Cyril Pokorný – čp. 22, Václav Ciprián – čp. 44, Josef Vrba – čp. 25. Za stranu agrární to byli Rudolf Mužík – čp. 2, Antonín Vrba – čp. 24, František Merhaut – čp. 21, Bedřich Merhaut – čp. 26. Prvním prvorepublikovým starostou byl František Holeček. V roce 1925 byl v Bavoryni založen dobrovolný hasičský sbor, jehož zakládajícími členy byli zdejší rolníci Čeněk Sudík, Bedřich Merhaut a František Hříbal. V roce 1926 byla provedena elektrifikace obce. Při obecních volbách získali sociální demokraté tři mandáty, strana agrární rovněž tři mandáty a komunistická strana šest mandátů. Následné roky jsou poznamenány hospodářskou krizí a velkou nezaměstnaností, která postihla i Bavoryni. V roce 1931 se konají obecní volby. Strana sociálně demokratická získala 5 mandátů, komunisté 4 mandáty a strana agrární 3 mandáty. Starostou byl zvolen Rudolf Mužík. V roce 1939 došlo ke změně starosty i zastupitelstva obce. Dlouholetého starostu Rudolfa Mužíka vystřídal Josef Vrba z čp. 25. V novém zastupitelstvu byli dále Jan Skalka, Bedřich Štuksa, Alois Fait, František Sobotka, František Hříbal, Rudolf Nedvěd, Jan Svoboda, František Holeček, Václav Mojžíš, Václav Merhaut. V roce 1940 se provádí pojmenování měst a obcí v němčině. Tehdejší jméno Bavoryně znělo stejně jako už kdysi v minulosti – Baborin. Již 5. května 1945 byl v Bavoryni ustaven revoluční národní výbor a jeho členy se stali: Josef Vrba, Jan Černý, Václav Ciprián, František Macourek, Petr Blábol, Josef Skalka, Antonín Perman, Josef Šmejkal, Bedřich Štuksa a Miroslav Vrba. K ustavení došlo již v ranních hodinách v usedlosti rolníka Jaroslava Mareše, čp. 4. Už 11. května 1945 se v Bavoryni objevují první vojáci Rudé armády.
Poválečná historie Bavoryně je ve znamení snížení počtu obyvatel v rámci osídlení pohraničí po odsunu německých obyvatel. V letech 1945 – 1948 odešlo z Bavoryně do pohraničí celkem 91 osob. V roce 1946 žila obec volbami a novým předsedou MNV se stal Jan Lukáš ze zvítězivší KSČ a dále členové zastupitelstva ze čtyř stran: Bohumil Skalka, Miroslav Vrba, Antonín Elgr, Adolf Veselý, Alois Fejt, František Holeček, Josef Elgr, Antonín Vrba, František Macourek, Rudolf Mužík a František Ciprián. Novým předsedou byl později zvolen Alis Fejt a v r. 1948 Bohumil Skalka. Znárodňování postihlo v r. 1949 jediný obchod v obci – koloniál Václava Srpa. Ten byl převeden do Spotřebního družstva „Budoucnost“. Socializace vesnice nešla v Bavoryni tak hladce a soukromě hospodařící rolníci odmítali založit jednotné zemědělské družstvo. Vše nasvědčuje tomu, že ani samospráva obce nebyla bez problémů. Lze tak usuzovat na základě častého střídání předsedů MNV – v roce 1950 byl předsedou Rudolf Nedvěd, dále Josef Fejt, kterého v r. 1952 vystřídal Stanislav Černý. Ke vstupu do družstva a k zastrašení zdejších rolníků mělo posloužit v září 1953 zatčení rolníka Jaroslava Mareše z čp. 4, který byl v lednu 1954 odsouzen na jeden rok do vězení. Do vězení putoval i další rolník František Hříbal. Novým předsedou MNV se stal v r. 1954 Josef Holeček.
V šedesátých letech 20. století měla Bavoryně 243 obyvatel a předsedy MNV Josefa Holečka a Rudolfa Nedvěda. V r. 1976 došlo ke zřízení společného národního výboru Zdice – Chodouň – Bavoryně. Bezmála po 90. letech obecní samosprávy je Bavoryně zase přidělena ke Zdicím, kde bylo sídlo MNV a funkcionáři doplněni o 1 poslance z Bavoryně – dosavadní předsedkyni MNV Bavoryně Zdeňku Svobodovou. V roce 1980 bylo v Bavoryni 188 obyvatel. V roce 1990 se obec opět osamostatnila a starostou byl zvolen Josef Merhaut. V současné době je starostou ing. Jan Nedvěd, místostarostkou Marie Kučerová, zastupitelé Eva Villagomez Dlouhá, Václav Mareš, JUDr. Josef Dětka, MUDr. Tomáš Hrabák, Petr Šilhavý, ing. Zdeněk Vinš, Josef Merhaut.
