V Počátkách byly natočeny některé scény filmů Postřižiny (1980), Jízda (1994), Když děda miloval Ritu Hayworthovou (2001)a televizního seriálu Návštěvníci (1983).
V katastru obce byl nalezen stříbrný denár Marka Aurelia. V okolí také procházela Želivská stezka (spojujicí přes nedaleký Strážný kopec Želivský klášter s Rakouskem), zmiňovaná prvně roku 1178.
Ve 13. století vlastnili území dnešních Počátek Vítkovci, jejichž území začínalo pod vrchem Lísek. Po rozdělení pohraničního hvozdu, zvaného „Knížectví“, začali pod Lískem budovat osady, bylo to na počátku Čech, ale i na počátku vod, neboť se zde nachází i rozvodí mezi Severním a Černým mořem. A na počátku osídlování byly zajisté i Počátky, odtud si lze vysvětli i název Počátky. Ve starých listinách a mapách se objevuje jméno Počzaken, Potschaken, Počzatek, Potschatek.
K roku 1273 je zde uváděn kněz Předboř, takže touto dobou zde již stál kostel.První písemná zmínka o obci (původně trhové) pochází z konce 13. století (qui apud Pochatek, in domini ducis Austrie). Tato zmínka je v listáři Tobiáše z Bechyně, v němž se Počátky udávají mezi místy, která byla zpustošena v bojích mezi králem Václavem II. a přívrženci Záviše z Falkenštejna z rodu Vítkovců. Některé prameny zase udávají, že Počátky náleželi rodu Benešoviců, když roku 1303 věnuje Vítek ze Švábenic Počátky své ženě Brechtě (neboli Perchtě z Krumlova, později z Kralovan, pravděpodobně sestry Záviše z Falkenštejna) za Moravany u Brna (svědčí Dobeš z Bechyně a Vítkovci Jindřich z Rožmberka a Oldřich z Hradce, zmíněn Vítek z Loučky). Z roku 1359 pochází nejstarší zmínka o farním kostele v Počátkách, v té době zde byl v pořadí 20. farářem Mikuláš, pocházející z Dačic.
Roku 1368 daroval Karel IV. Počátky nejvyššímu purkrabímu - hraběti Janu z Hardeku a roku 1389 jej koupili páni z Hradce. Téhož roku město obdrželo jako poddanské město znak své vrchnosti, pánů z Hradce, zlatou pětilistou růži v modrém poli. Název města se pluralizuje od roku 1654 (Pocziatky). Roku 1698 obdržely Počátky polepšený městský znak, který spojil znak pánů z Hradce se znakem Štenberským. Nový znak je gotický štít modré barvy, uprostřed rozštěpený zlatým prutem. V pravém poli je osmicípá zlatá hvězda štenberská a zlatá písmena A. W. (tj. Adolf Wratislav – tehdejší majitel města); v levém poli je zlatá pětilistá růže rodu hradeckého a písmeny A. L. (Anna Lucie – rozená Slavatová, dostala Počátky jako věno, manželka Adolfa Wratislava). Štít je ozdoben hraběcí korunou, již drží dva vzlétající andělé.
Počátky byly město poddanské čili feudální neboli šosovní, tedy pod ochranou. Vrchnost jim byla pánem, dosazovala jim správu, brala od města platy (daně), ochraňovala měšťany a jejich řemesla a udělovala jim práva.
Roku 1850 zde byl zřízen okresní soud a soudcem byl jmenován František Sedláček, otec historika Augusta Sedláčka, který zde chodil do školy (od 1850 zřízené v čp. 22).
1. ledna 1884 odevzdána nemocnice plně svému úkolu, když byla vyhlášena za všeobecnou veřejnou nemocnici výnosem min. vnitra.
V Počátkách byly také natočeny některé scény filmů Postřižiny (1980), Jízda (1994), Když děda miloval Ritu Hayworthovou (2001)a televizního seriálu Návštěvníci (1983).
Od 1. února 1994 obec užívá vlajku založenou na motivech znaku.
Podle názvu města byla pojmenována planetka č. 14974 Počátky, kterou tak nazval její objevitel a počátecký rodák Miloš Tichý.
- Martin z Počátek (Martinus Poczatensis), utrakvista, roku 1468 bakalář a 1475 Mistr svobodného učení na universitě pražské (děkanem fakulty filosofické 1481, 1486 a 1490), do roku 1505 farář v kostele Matky Boží před Týnem, poté v kostele svatého Štěpána.
- Josef Brdlík (1848–1932), okresní starosta, podnikatel, poslanec zemského sněmu a Říšské rady.
- V letech 1870–1871 pobývala v Počátkách u Josefíny Brdlíkové „dcera národa“ Zdeňka Havlíčková.
- Roku 1830 se zde narodil a je zde pochován Msgre. Vincenc Švehla (†1910) – papežský prelát, konsistorční rada, notář, kanovník kapituly vyšehradské, kněz (Kostel svatého Václava (Smíchov)), oblát kongregace nejsvětějšího vykupitele, rytíř řádu Františka Josefa I.
- Koncem 19. století zde působil buditel českého dobrovolného hasičstva Jakub Alois Jindra.
- Zde se roku 1868 narodil a své mládí prožil přední básník českého symbolismu Otokar Březina.
- V domě č.p. 15 se roku 1903 narodil archivář František Navrátil, který řídil pobočku Český Krumlov Státního archivu Třeboň. „Vynikl jako všestranný znalec dějin svého rodného Počátecka a Českokrumlovska.“
- Kostel Božího Těla
- Původně gotický barokně přestavěný kostel sv. Jana Křtitele s přístupnou věží připomínaný již kolem roku 1273 (kněz Předboř) v nedochované zdroji
- Kostel svaté Kateřiny
- Kaple svaté Anny u nemocnice
- Boží muka
- Socha Panny Marie na Strážnickém vrchu
- Sloup se sochou Panny Marie na Mariánském náměstí
- Kašna na Palackého náměstí se sousoším sv. Jana Nepomuckého
- Radnice na Palackého náměstí
- Fara
- Poštovní úřad