Chýnovská jeskyně byla objevena roku 1863 při práci v lomu. Roku 1868 se po úpravách stala první turisticky zpřístupněnou jeskyní na území České republiky. Chýnovská jeskyně byla postupně vytvářena rozšiřováním puklin korozí, přičemž na charakteru chodeb se zároveň podílela proudící a výmolná činnost vod. I to přispělo k neuvěřitelné barevnosti stěn a stropů, kde bílé, žluté a hnědé polohy mramorů střídají tmavé vrstvy amfibolitů.
Strmé chodby jeskyně spadají až do hloubky 41 metrů na hladinu podzemního toku. Celková délka jeskynního systému, který není ještě zcela prozkoumán, je více než 1200 metrů. Délka turistické trasy je 220 metrů s převýšením 42 metrů. Prohlídka trvá 40 minut, teplota vzduchu v jeskyni je 5 až 9°C.
V prostorách mimo návštěvní okruh neustále probíhá speleologický a speleopotápěčský průzkum. V 90. letech zde byly objeveny rozsáhlé, trvale zatopené prostory s jedinečnými drúzami křemene. Vědci doufají v podobné nálezy i do budoucna.
